在《名侦探柯南》中，黑衣组织出现的集数包括但不限于以下几集：

1. 第1集《云霄飞车杀人事件》

2. 第2集《董事长千金诱拐事件》

3. 第5集《新干线大爆破事件》

4. 第13集《奇怪的寻亲杀人事件》

5. 第43集《江户川柯南诱拐事件》

6. 第48至49集《外交官杀人事件》

7. 第128集《黑暗组织10亿抢劫事件》

8. 第129集《来自黑暗组织的女子大学教授杀人事件》

9. 第700集《逼近灰原秘密的黑影（后篇）》

10. 第701集《漆黑的特快列车（发车）》

11. 第702集《漆黑的特快列车（隧道）》

12. 第703集《漆黑的特快列车（交叉）》

13. 第704集《漆黑的特快列车（终点）》

14. 第705集（未提供具体标题，但涉及黑衣组织）

15. 第780集至782集《绯色的追寻》至《绯色的回归》

16. 第274集《幽灵屋的真相》

17. 第286至288集《工藤新一纽约事件》

18. 第289至290集《光彦森林迷失记》

19. 第307至308集《遗留的无声证言》

20. 第309至311集《与黑衣组织的接触》

这些集数中，黑衣组织以不同的形式和情节出现，包括组织成员的活动、与主要角色的互动以及组织背后的秘密等。