小兰称呼新一为“新一”而其他人称呼为“工藤”的原因主要有以下几点：

保护身份

新一是高中生侦探工藤优作的独生子，他经常遭遇危险，为了避免危险，他选择使用“工藤”这个名字掩盖自己的真实身份。同时，他也担心如果小兰知道了他的真实身份，她也会面临危险。

避免混淆

新一的父亲工藤优作也有一个同样的名字，为了防止混淆，小兰在称呼上做了改动，称呼新一为“工藤”。

亲密关系的体现

小兰和新一是从小玩到大的好朋友，两人之间存在深厚的感情。在亲密关系中，人们通常会选择称呼对方的名字，而不是姓氏，以体现彼此之间的亲近和随意。

社会习惯和礼仪

在日本文化中，男生之间、男生和女生之间互称姓氏而不称名，这是一种比较正式和尊重的称呼方式。而对于关系亲密的人，如朋友或恋人，则可以直接称呼名字。

剧情需要

在动漫《名侦探柯南》中，为了保持剧情的紧张感和神秘感，创作者有意安排小兰称呼新一为“新一”，而其他人则称呼为“工藤”，以增强故事的悬疑氛围。

综上所述，小兰称呼新一为“新一”而其他人称呼为“工藤”的原因主要是为了保护新一的身份安全、避免混淆、体现亲密关系的亲近以及符合日本的社会习惯和礼仪。