光纤激光器采用侧向泵浦的原因主要有以下几点：

提高耦合效率：

侧向泵浦能够实现大于90%的耦合效率，且不占用光纤的端面，这使得双包层光纤能够与其他光纤及光器件进行有效的连接。

便于多个泵浦点的设置：

侧向泵浦技术可以在一段光纤上设置多个泵浦点，这有利于提高激光器的输出功率。

减少热效应：

侧面泵浦结构的固体激光器，通过在泵浦光反向冷却套侧壁镀高反射金膜，使激光棒侧向均匀泵浦，实现低阶模输出，从而减少热效应。

灵活的光纤配置：

由于侧向泵浦不占用端面，双包层光纤激光器在工业加工、印刷、打标、医疗和通信等领域有着广泛的应用，且能够提供几十W甚至上百W的单模连续输出。

减小非线性效应：

在飞秒光纤激光器中，使用背向泵浦可以减小非线性效应（如SPM、自相位调制）的积累，提高脉冲压缩性能，同时反向泵浦还可以减小小信号放大时增益过大产生的ASE，并提高拉曼阈值。

综上所述，侧向泵浦在光纤激光器中的应用能够带来高耦合效率、便于多泵浦点设置、减少热效应、灵活的光纤配置以及减小非线性效应等多方面的优势。