永琪在《还珠格格》中与小燕子重逢的情节发生在第98集。以下是关于这一情节的详细归纳：

重逢背景：

永琪在完成了两年的“使命”后，前往花海寻找小燕子，并在那里与她重逢。

情感表达：

在重逢的场景中，永琪和小燕子有泪吻，表达了他们深厚的感情。

剧情发展：

在重逢之后，永琪为了满足额娘和欣荣的期盼，与尔康、紫薇一起回到皇宫，并在药物的作用下与欣荣圆房。然而，永琪心中始终挂念着小燕子，最终选择离开皇宫，前往大理寻找她。

综上所述，永琪找到小燕子的情节发生在《还珠格格》的第98集，这一集充满了情感的高潮和剧情的转折，为观众呈现了一个感人至深的重逢故事。