贵阳市下辖的修文县、清镇市和南明区之间的关系如下：

修文县：

修文县是贵阳市下辖的一个县。根据最新信息，修文县在贵阳市的行政区划中属于6个市辖区之一。修文县位于贵州省中部，贵阳市北部，与开阳县、息烽县等地接壤。

清镇市：

清镇市是贵州省政府管辖的县级市，并由贵阳市代管。清镇市位于贵阳市西部，与修文县、息烽县、开阳县等地相邻。清镇市在贵阳市的行政区划中，是一个具有较高独立性的行政单位。

南明区：

南明区是贵阳市的两个主要城区之一，另一个是云岩区。南明区位于贵阳市中心，是省委、省军区所在地，面积约为209.34平方公里，常住人口超过104万人。南明区下辖多个乡和街道办事处。

综上所述，修文县、清镇市和南明区都是贵阳市下辖的行政单位，其中修文县是县，清镇市是县级市，南明区是市辖区。修文县和清镇市与南明区在地理上相邻，但它们在行政级别和管理上有所不同。修文县和清镇市由贵阳市直接管辖，而南明区作为贵阳市的中心城区之一，其行政地位和管理方式也有所不同。