质粒转化时先在冰中放置半小时后再进行42度热激的原因主要有以下几点：

热激法原理

在0℃的CaCl₂低渗溶液中，大肠杆菌菌细胞会膨胀成球形，转化混合物中的DNA会形成抗DNase的羟基-钙磷酸复合物，粘附于细胞表面。

经过42℃短时间热冲击处理，可以促进细胞吸收DNA复合物。

细胞壁通透性增加

先在冰上预冷半小时，可以使质粒DNA充分靠近细菌细胞。

然后迅速放入42度水浴中热冲击，细菌细胞壁的通透性增加，质粒DNA得以迅速进入细胞。

防止DNA泄漏

热激后迅速将细胞放回冰浴中，细菌细胞壁会迅速闭合，防止进入的质粒DNA泄漏出来。

提高转化效率

这种处理方法能够增加质粒进入细胞的效率，从而提高转化成功率。

综上所述，先在冰中放置半小时后再进行42度热激，是为了通过控制温度变化来增加细胞壁的通透性，促进质粒DNA进入细胞，并防止DNA在热激后泄漏，从而提高质粒转化的效率。