沈阳药科大学南校区位于本溪的原因主要有以下几点：

地理位置优势：

本溪校区坐落在石桥子岔沟山区，地理位置优越，周边交通便利，生活配套设施完善，有利于学生的学习和生活。

支持地方经济：

沈阳药科大学积极为辽宁省医药经济战略发展作贡献，特别是为本溪医药经济发展提供医药产业、科研、生产技术人力资源服务。在辽宁省人民政府的领导下和本溪市人民政府的大力支持下，学校确定在本溪经济开发区建设南校区。

扩大办学规模：

2012年四月，因学校院系调整，原本溪校区扩建为药大南校区，所有本科专业将陆续搬到南校区，主校区仍在沈阳。

改善教学和研究条件：

南校区规划为1850亩，二期工程已于2012年开工，旨在提供更好的教学和研究条件，改善校园环境和设施。

综上所述，沈阳药科大学南校区位于本溪，是为了更好地支持地方医药经济发展，提供更好的教学和研究条件，并扩大办学规模。