五笔八六版与九八版的主要区别如下：

字库和字根调整

八六版：字库较大，字根有些许改变，同一个字可能输入方法不同，但熟练后容易掌握。

九八版：字根布局更为合理，减少了重码。例如，“几”这个字根在八六版中在“M”键，调整后改为“W”键，改动不是很多。

编码科学性和规范性

八六版：已经普及，形成了教学、工具书、教材、软件开发、实际应用上的社会定位，但编码相对不够科学规范。

九八版：编码科学规范了许多，废除了似是而非的“强扭码元”，向着规范化方向迈进了一步。在取码规则方面，选用了更多的“重心码元”与“多笔码元”，使得取码更顺畅便捷，并且改变了一些取笔画码的顺序，使其与汉字书写顺序保持一致。

简码编码

八六版：简码重复现象较多，例如有多个汉字同时有一级、二级和三级简码，甚至有的汉字同时有一级、二级、三级简码和四级全码，这造成了编码位置的浪费。

九八版：简码重复现象大为减少，减少了编码位置的浪费，使更多汉字编排上了二、三级简码，重码汉字也有所减少，有利于提高汉字输入速度。

词组数量

八六版：词组数量相对较少。

九八版：词组比八六版多且更合理，这对提高输入速度有利。

总结：

九八版五笔在字根布局、编码科学性和规范性、简码编码以及词组数量等方面都比八六版有所改进，使得输入更为顺畅和高效。然而，八六版由于已经普及并形成了广泛的社会应用基础，仍然有很多用户选择使用。对于新学习者来说，如果条件允许，建议学习九八版以获得更好的输入体验和效率。