《他来了，请闭眼》最后存活的是艾伦。虽然小说中存在关于双重人格的设定，且艾伦和西蒙两个角色在故事中有过多次身份转换和互动，但最终的结局表明，艾伦是最终的胜利者。

在小说的最后几集中，艾伦和西蒙的身份发生了转化，最终大Boss蔺漪阳的身份被揭秘，而艾伦则被认为是幕后黑手。傅子遇在薄靳言准备以艾伦的身份去救简瑶时，提到“人心太脆弱了，有些东西一旦失去了就再也找不回来了”，这句话暗示了傅子遇知道艾伦的存在，并且害怕薄靳言变成艾伦后西蒙无法回来。此外，在薄靳言与谢晗拿枪准备“玩”的时候，谢晗叫他西蒙，但薄靳言的反应和语气显然很反感，这表明他并不认同西蒙的身份，而是更加认同艾伦。

在小说的结尾部分，薄靳言最后诡异的笑容和谢晗自杀前的劝诫，都暗示了艾伦的存在和胜利。谢晗在自杀前对薄靳言说“艾伦根本不存在，艾伦只是他用来推延时间来抓捕鲜花食人魔的一个手法而已”，这句话虽然看似是在否认艾伦的存在，但实际上是在揭示艾伦的真实身份和计划。

综合以上信息，可以得出结论：在《他来了，请闭眼》中，最后存活的是艾伦，他通过双重人格的设定和一系列精心策划的计谋，最终取得了胜利。