南京三中初中部和第五中学各有其优势，以下是它们的一些比较：

三中初中部（原三中文昌初级中学）

教学质量：三中初中部在中考中的表现优于第五初级中学。

学校声誉：三中初中部在教学质量上稳步上升，且被认为是全区第一。

师资力量：虽然具体信息不详，但三中作为一所知名学校，通常拥有较好的师资力量。

第五中学（第五初级中学）

小高考成绩：第五中学的小高考过关率较高，且参加小高考的高二同学在进学校时的分数比同类学校低，但在五中两年里完成了比同类学校好的成绩。

师资力量：第五中学有特级教师，且老师负责。

小班教学：第五中学有精品小班，本科率较高。

建议

如果更看重中考成绩和整体教学质量，南京三中初中部可能是更好的选择。

如果关注小高考成绩和小班教学，第五中学也是一个值得考虑的选项。

具体选择哪所学校，建议家长和学生根据孩子的实际情况和需求进行选择，可以实地考察两所学校，了解学校的教学环境和设施，与在校师生交流，以便做出更为明智的决策。