利莫里亚文明的消失原因主要有以下两点：

与亚特兰蒂斯的战争失败：

利莫里亚文明与高度发达的亚特兰蒂斯文明发生了战争，但最终利莫里亚人战败灭亡。

洪水灾害：

亚特兰蒂斯文明因为一场大洪水而淹没到了海底，这可能也间接导致了利莫里亚文明的消失。

综上所述，利莫里亚文明的消失可能是由于与亚特兰蒂斯的战争失败以及随之而来的洪水灾害共同作用的结果。