南航上海直飞的城市包括国内和国际目的地。国内目的地有广州、深圳、北京、乌鲁木齐、喀什、成都、重庆、昆明、贵阳、大连、沈阳、哈尔滨、长春、海口、三亚、珠海、汕头、郑州、武汉、长沙、南宁、西安、青岛、大庆、南阳等。国际及地区目的地有首尔、东京、大阪、胡志明、台北等。此外，南航还计划开通上海浦东至新疆喀什的直飞航线。

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