九段沙，作为上海市在长江口新形成的小岛，其未来用途主要集中在以下几个方面：

生态保护区

九段沙湿地具有极高的生态价值，被誉为“地球之肾”，具有调节气候、净化水质、维护生物多样性等重要功能。这里不仅是众多鱼类的产卵场、育幼场、索饵场及洄游通道，也是东亚-澳大利西亚迁飞区水鸟重要的迁徙停歇地和越冬场所。因此，未来九段沙很可能会继续作为重要的生态保护区进行保护和管理，以确保其生态系统的健康和稳定。

科研基地

九段沙湿地的独特生态系统和丰富的生物多样性使其成为科研工作的理想场所。未来，这里可能会建立更多的科研机构和实验室，用于开展生态学、生物学、环境科学等领域的研究，以进一步揭示九段沙的生态功能和演变规律。

旅游休闲地

随着九段沙的逐步开发，未来这里可能会成为旅游休闲的热门目的地。游客可以在这里欣赏到独特的湿地风光，进行生态旅游和观鸟活动。九段沙的生态旅游不仅可以带动当地经济发展，还能提高公众的生态保护意识。

水利工程及机场航运安全

九段沙具有巨大的生态服务功能，包括水利工程及机场航运安全等方面。未来，九段沙可能会被进一步开发用于这些用途，以支持长江口和东海交汇处的航运和水利工程建设。

综上所述，九段沙未来的用途将主要集中在生态保护、科研、旅游休闲以及水利工程和航运安全等方面。随着九段沙的进一步开发，其生态和经济价值将得到更充分的发挥。