独角兽高达的最终命运是 被封印。在《高达UC》的剧情中，独角兽高达在拉普拉斯之乱中发挥了重要作用，展示了其强大的实力。然而，由于独角兽系列三台机体的力量过于强大，可能会引发不可控的问题，因此被联邦高层封印。此外，也有说法称在剧情的某个转折点，独角兽高达被封印或分解封印，但具体细节可能因剧情版本而异。

尽管独角兽高达在故事中有着重要的地位，但其强大的力量最终导致了它的封印，以防止潜在的危险。这一结局也反映了《高达UC》中对于力量与责任之间平衡的探讨。