在电影《那些年，我们一起追过的女孩》中，毕业时合唱的歌曲是 《友谊地久天长》。这首歌在电影中多次出现，是学生们共同回忆青春岁月的重要符号。

《友谊地久天长》是一首非常经典的歌曲，原唱为苏格兰民谣，后来被广泛传唱，成为许多重要场合的背景音乐，如毕业典礼、婚礼等，象征着友谊和离别的情感。在电影中，这首歌不仅出现在毕业典礼上，还被用作背景音乐，勾起了观众对青春岁月的回忆。

此外，虽然有些信息提到其他歌曲，如《再见歌》和《骊歌》，但它们并不是电影中的合唱歌曲。因此，可以确定《友谊地久天长》是《那些年，我们一起追过的女孩》中毕业时合唱的歌曲。