98五笔和86五笔 确实存在字根不一样的情况。以下是它们之间的一些主要区别：

字根不同

98五笔在86五笔的基础上对字根进行了增加和删减，使得字根数量和分布有所不同。

例如，98五笔中的一些字根在86五笔中并不存在，或者位置有所不同。

编码规律

86五笔使用的是单独出声符和单/双字边码，同音字有各自独立编码，编码较为简单。

98五笔则更加规范，字根的分配规则有所改进，通过了国标鉴定，使得编码更加合理和科学。

键盘布局

98五笔对字根的排放位置进行了调整，尽可能少出现重复组合，增加汉字组合的唯一性。

这种调整使得98五笔在键盘布局上有所不同，虽然大部分人都已经习惯86版的字根布局，但98版在实际使用中也有其优势。

适应性和易记性

86五笔由于使用较早，用户习惯性强，输入速度快，但字根数量较少，有些字拆分不规范。

98五笔字根数量更多，包含更全面的字库和词库，灵活性更高，更符合现代人的需求。

总的来说，98五笔和86五笔在字根、编码规律和键盘布局等方面都存在明显的差异。虽然86五笔使用广泛，但98五笔在规范性和科学性方面做了改进，更适合现代高速打字的需求。如果需要学习五笔输入法，建议先了解并适应其中一种版本，再根据个人习惯和需求选择其他版本进行学习。