阿笠博士和他的初恋 并没有在一起。根据多篇文章的信息，阿笠博士曾经有过一段感情，那是他的初恋，但是因为种种原因两人没能在一起，阿笠博士直到现在胡子花白了也没有忘记她。在《名侦探柯南》的故事中，阿笠博士的初恋情人是芙莎绘·坎贝尔·木之下，两人在小学时代相识并有过一段美好的感情，但最终因为一些误会和错过而未能走到一起。在动画中，阿笠博士和芙莎绘在40年后重逢，但此时她已经有了自己的家庭，两人最终没有正式相认，只是彼此知道对方的存在。因此，可以得出结论，阿笠博士和他的初恋并没有在一起。