99A和99大改三代（通常称为99三期改型或99A型）之间的区别主要体现在以下几个方面：

动力系统

99A：采用了150HB-2型涡轮增压中冷柴油机，功率从二期改的1200马力提升到1500马力（峰值功率1800马力），达到M1A2和豹二的同等水平。动力舱加厚，空气清洁过滤装置采用了类似M1A2的双过滤体制，增强了发动机在沙尘环境下的可靠性。

99大改三代：换装了150HBV型12缸双涡轮增压计算机控制高压共轨电喷柴油机，功率为1103千瓦（1500马力）。同样采用了双过滤体制的空气清洁过滤装置。

散热系统

99A：发动机进气格栅从车尾移至车体侧面，增加了大型进气口，与使用燃气轮机的M1A2相似，说明其动力系统进行了相当升级。

99大改三代：未详细提及散热系统的变化，但可以推测其散热系统也有所改进，以适应更强大的动力系统。

传动系统

99A：采用了新型全自动液力机械综合传动装置以及配套驾驶操纵装置，整体技术较以往底盘有很大提高，可以实现豹2、M1那样的原地零半径360度转向。

99大改三代：未详细提及传动系统的具体变化，但可以推测其传动系统也有所升级，以适应更先进的火控系统和武器系统。

火控系统

99A：未详细提及火控系统的变化，但可以推测其火控系统有所升级，以适应更先进的武器系统。

99大改三代：更新了火控系统，更换成新型激光主动对抗系统，对敌方激光测距仪、星光夜视镜、光学瞄准仪、热像仪等可见光/近红外线光学电力仪器实施干扰，使之饱和失效，甚至永久性损坏。

装甲系统

99A：未详细提及装甲系统的变化，但可以推测其装甲系统有所改进，以增强防护能力。

99大改三代：炮塔正面的复合装甲以及爆炸反应装甲相加后获得的物理厚度达到1200毫米厚均质装甲的水平。

武器系统

99A：未详细提及武器系统的变化，但可以推测其武器系统有所升级，以适应更先进的火控系统和装甲系统。

99大改三代：使用新型高膛压ZPT-98 50倍径125毫米滑膛炮，各方面性能得到进一步提高。

其他变化

99A：车体因此得以缩短，六个负重轮之间的间隔缩小，分布更平均。整车布局紧凑，可以把有效重量更多地分配给防护。侧裙板的高度也增加了1/3，防护面积更大。

99大改三代：未详细提及其他具体变化，但可以推测其在其他方面也有所改进，以提高整体性能和战场适应性。

综上所述，99A和99大改三代在动力系统、散热系统、传动系统、火控系统、装甲系统、武器系统等方面都有显著的区别和改进，使99A成为一种全新的坦克型号，性能得到了全面提升。