班主任在保护与学生单独谈话记录方面，可以采取以下措施：

做笔记和写日志

班主任可以通过详细记录每次与学生谈话的内容、学生的姓名、谈话时间等信息，来保护自己的隐私和记录。这种方法不仅有助于班主任日后回忆和参考，还能在需要时提供证据。

保持透明和公开

在与家长沟通时，班主任应尽量保持透明，避免使用可能引发误解的沟通方式。例如，敏感问题可以通过语音而非文字沟通，重要信息及时与家长确认，以减少误解和不必要的猜疑。

注意场合和环境

在与学生单独谈话时，班主任应选择适当的场合和环境，避免在不安全或私密的环境中进行。例如，小学高段时，男班主任和女学生在办公室单独谈话时，应打开办公室的门，或者避免单独谈话，以免引起不必要的误会或麻烦。

避免体罚和过度严厉

无论遇到什么情况，班主任都应保持冷静和理智，避免体罚学生或使用过度严厉的语言。这不仅有助于保护学生的身心健康，也能维护班主任的职业形象和信誉。

使用录音设备

为了防止家长或其他人偷录谈话内容，班主任可以考虑在谈话时开启录音设备。但需注意，录音内容应仅用于教学或管理目的，并严格遵守相关法律法规，避免侵犯学生和家长的隐私权。

建立信任关系

通过耐心倾听和真诚沟通，班主任可以与学生建立信任关系，使学生在谈话中更加坦诚和放松。这样不仅能提高谈话效果，还能减少学生因紧张或恐惧而可能产生的误解或抵触情绪。

综上所述，班主任在保护与学生单独谈话记录方面，可以通过做笔记、保持透明、注意场合、避免体罚、使用录音设备和建立信任关系等措施，来确保谈话内容的保密性和有效性。