工藤新一在《名侦探柯南》中出场45集，以下是具体分析：

首次出场

工藤新一首次以江户川柯南身份出场是在第1集《云霄飞车杀人事件》中，目睹黑衣组织交易被灌下APTX4869。

后续出场集数

49~50集：外交官杀人事件（后篇）

106~107集：初恋情人回忆事件

172~173集：飞天密室（工藤新一的原始事件）

206集：生死一瞬间

207~208集：危险生命复活——黑衣骑士

235~238集：一个叫侦探!工藤新一vs黑场海东

308集：工藤新一纽约事件-事件

309集：工藤新一的纽约事件——推理

其他说明

工藤新一以回忆形式出现的集数不计入总出场集数；

不同版本集数差异较小，主要差异在于细节描述。

综上，工藤新一在主线剧情中出场45集，若包含回忆片段则更多，但通常计算时以主线出现次数为准。