POS机刷卡手续费的计算方式如下：

按交易金额的一定比例收取

信用卡：通常按照交易金额的一定比例来收取，以国标费率为例，比例为0.6%。例如，刷100元信用卡，手续费为0.6元；刷1万元，手续费为60元。

储蓄卡：手续费通常有一个封顶金额，金额因银行和POS机品牌的不同而有所差异，一般在25元到48元之间。如果费率是0.5%，那么刷卡1,000元的手续费就是5元，刷卡2,000元就是10元。只有当这个手续费超过封顶金额时，才会按照封顶金额来收取。

扫码支付：手续费通常是按照0.38%的比例来收取。例如，扫码支付1万元，手续费为38元。

固定费用

有些POS机还存在一个秒到费的概念，费用是按笔数来计算的，一般是每笔交易加收3元。

行业差异

不同行业的扣费标准不同。一般行业为1%，特殊行业如宾馆、酒店、珠宝、工艺品等为2%左右。

大宗交易和批发交易

扣率封顶，一般为0.5%-1%，单笔20元或50元封顶。

手续费分配

手续费规定由商户承担，由银联清算资金时扣除。收益中发卡银行得70%，银联10%，为固定部分，剩余为收单银行或收单公司收益。

其他费用

有些POS机还可能涉及单笔封顶费用、结算周期等因素，影响最终的手续费用。

综上所述，POS机刷卡手续费的计算方式主要包括按交易金额的一定比例收取、固定费用、行业差异、大宗交易和批发交易的封顶费用以及手续费的分配等。商家可以根据自身情况选择合适的POS机和服务提供商，以降低交易成本。