是的，在《守护甜心》的漫画中，日奈森亚梦和月咏几斗最终是在一起的。尽管动画版并没有明确展示他们的爱情故事，但漫画的结局明确描绘了亚梦和几斗的幸福时刻。

具体来说，漫画的最后一回中，亚梦和几斗在教堂里举行了婚礼，并宣誓将幸福地在一起。此外，漫画的官方信息也确认了亚梦和几斗的CP关系，并展示了他们最终走到了一起。

因此，可以肯定地说，在《守护甜心》的漫画中，几斗和亚梦最终是幸福地在一起的。