保健食品GMP认证和食品QS认证的区别主要体现在以下几个方面：

认证对象不同

GMP认证：主要针对药品和保健食品生产企业，要求企业从原料、人员、设施设备、生产过程、包装运输、质量控制等方面达到卫生质量要求。

QS认证：主要针对一般食品生产企业，要求企业必须经过强制性的检验，合格且在最小销售单元的食品包装上标注食品生产许可证编号并加印食品质量安全市场准入标志（QS标志）。

标准和要求不同

GMP认证：要求企业具备良好的生产设备、合理的生产过程、完善的质量管理和严格的检测系统，确保最终产品质量（包括食品安全卫生）符合法规要求。GMP认证对企业的实力有很大要求，投入较大，需要建立符合GMP要求的厂房和相应的生产设备。

QS认证：对一般食品的管理规范，主要关注食品的质量安全，要求企业必须经过强制性的检验并标注QS标志。

认证流程不同

GMP认证：需要先在国家局进行注册和备案，之后再在当地省级食药局申请食品生产许可证，即SC证。

QS认证：企业需要向当地质量技术监督部门申请，通过审查合格后获得食品生产许可证。

法规依据不同

GMP认证：依据《中华人民共和国食品卫生法》、《保健食品管理办法》、《食品企业通用卫生规范》（GB14881）和《保健食品良好生产规范》（GB17405）等法规进行审查和评价。

QS认证：依据《中华人民共和国产品质量法》、《食品生产加工企业质量安全监督管理办法》等法规进行管理和监督。

建议

保健食品生产企业：由于保健食品的特殊性，企业需要先在国家局进行注册和备案，然后再申请食品生产许可证（SC证），并确保符合GMP认证的要求，以保障产品的质量和安全。

一般食品生产企业：需要按照国家规定的程序申请食品生产许可证（QS标志），并确保产品符合相关的质量安全和卫生标准。

随着法规的更新和监管的加强，保健食品GMP认证已经逐渐取代了食品QS认证，成为保健食品行业的最高认证标准。因此，企业需要密切关注相关法规的变化，及时调整自身的认证和管理策略。