《凰图腾》的结局并没有明确说明飞鸿和彩蝶是否最终在一起。以下是一些关键点和可能的解释：

飞鸿、风燕和彩蝶一起离开

在一些版本中，段飞鸿造反失败，皇上没有杀他，而是放了风燕和彩蝶，他们三人一起走了。在竹筏上，他们回忆了小时候的事情，并约定第二天一起去看日出。然而，风燕最终没有和飞鸿、彩蝶一起去看日出，而是选择了离开。

风燕回到皇上身边

风燕最终回到了皇上的身边，并且皇上很高兴，风燕最后成为了皇后，并生下了龙子。

飞鸿和彩蝶的关系

飞鸿和彩蝶的关系在剧中比较复杂，飞鸿只爱风燕一个，而彩蝶也深爱着飞鸿。尽管他们之间有着深厚的感情，但最终并没有明确说明他们是否在一起。

开放性的结局

《凰图腾》的结局较为开放，给观众留下了想象空间。有些版本暗示飞鸿和彩蝶可能在一起，有些则暗示风燕最终和皇上在一起。

综上所述，《凰图腾》的结局并没有明确说明飞鸿和彩蝶是否最终在一起，存在多种可能的解释和解读。