在《凰图腾》的大结局中，风燕经历了一系列的波折和抉择，最终与皇帝在一起，并成为了皇后。以下是风燕结局的详细情况：

阻止段飞鸿：

在段飞鸿即将杀死皇帝之际，风燕突然出现并阻止了他。

与彩蝶一起掉下悬崖：

在紧急关头，风燕和彩蝶一起掉下悬崖。太后威胁飞鸿撤兵去营救他们，最终飞鸿为了保护风燕和彩蝶同意了太后的要求。

被皇帝放走：

虽然他们成功地把风燕和彩蝶从悬崖上救下来了，但是他们自己却不幸被捕。皇帝偷偷放走了他们三人，但这三个人并不知道为什么风燕会选择回到皇帝身边。

成为皇后：

在整个故事中，风燕当上了皇后，但在某种程度上却无法真正与飞鸿和彩蝶相伴左右。

太后牺牲：

太后为皇上挡刀牺牲了，风燕怀有了身孕并诞下了太子。皇上因为给太后守孝三年才册封了风燕为皇后。

综上所述，风燕在《凰图腾》的大结局中最终与皇帝在一起，成为了皇后，但她的内心充满了对飞鸿和彩蝶的愧疚和无奈。太后的牺牲也为她的皇后之路增添了更多的戏剧性和情感色彩。