南京南站不属于南京市鼓楼区，而是位于雨花台区。以下是具体说明：

行政区划归属

根据多个权威来源显示，南京南站位于南京市雨花台区，具体地址为南京南站路1号。该站由南京铁路集团控股，并由南京市雨花台区人民政府管理。

相关交通信息

南京南站是南京地铁1号线、3号线、S1号线、S3号线和6号线的换乘枢纽，也是南京地铁最大的换乘站。

它连接南京与上海、杭州、合肥等城市，是华东地区最大的交通枢纽，亚洲第一大火车站。

地理位置

南京南站地处南京南部新城核心区，北邻雨花台风景区，南望秦淮河，西靠牛首山，与鼓楼区隔江相望。

综上，南京南站行政归属明确，属于南京市雨花台区。