水库清淤采砂是否合法，取决于是否获得了相应的许可和符合相关法规。以下是相关信息的总结：

需要办理河道采砂证：

根据《中华人民共和国水法》和《河道采砂许可制度实施办法》，河道采砂需要办理河道采砂证，未办理采砂证而擅自进行采砂活动是不合法的。

影响行洪安全的行为被禁止：

在河流、水库堤防和行洪区管理范围内采砂取土，如果影响河流正常走向，危害河流、水库行洪安全，是明确禁止的。一经发现，将由水行政主管部门责令行为人限期恢复原状，并处以罚款，情节严重的还可能涉嫌犯罪，移送公安机关处理。

清淤申请和统一规划：

如果河道淤积确实严重，影响行洪，可以按程序提出清淤申请，水利部门将根据实际情况进行统一规划，制定科学的清淤方案。这种情况下，清淤活动是在合法合规的前提下进行的。

综上所述，水库清淤采砂在获得相应许可并符合相关法规的前提下是合法的。未办理采砂证或影响行洪安全的行为是非法的，将面临法律处罚。