2000年最好看、热门的日本动漫包括：

《机巧奇传希约战记》（别名：幕府游龙-机巧奇传 / 机巧奇传希奥战记），这是一部以幕末到明治维新时期的日本为舞台，描述主角･ﾋｦｳ驾驶巨大人偶‘炎（ほむら）’在乱世之中冒险的冒险剧，全26集。

《安琪莉可 纯白翅膀回忆录》（ｱﾝジｪﾘｰｸ ~白い翼のﾒﾓﾜｰﾙ~），以面向女性的人气游戏软件为题材的原创动画，由上下卷两部构成。

《JOJO的奇妙冒险 ADVENTURE》（别名：Jojo's Bizarre Adventure），作为《JOJO》系列早期动画化的代表作品。

《网球王子》，在众多热血运动类漫画中占有一席之地。

《JOJO的奇妙冒险石之海》，这是个极具创造力的作品，不同世代的JOJO一直以来都是时下最受欢迎的作品之一。

《黑子的篮球》，在众多的篮球动漫中是一道独特的风景。

《棋魂》，这部动画对于下棋的人来说，确实有些热血。

《凉宫春日的忧郁》。

《海绵宝宝第二季》。

《游戏王》。

这些作品在2000年都受到了广泛的关注和喜爱，涵盖了冒险、奇幻、运动、悬疑等多种题材，满足了不同观众的喜好。建议可以根据个人兴趣选择观看。