在《高达SEED Destiny》的最后结局中，基拉和阿斯兰分开走的原因是多方面的，主要包括以下几点：

战争与政治理念的不同

阿斯兰作为扎夫特的高官，他的政治理念是保护PLANT，并且早已形成了这一理念。而基拉在与拉克丝接触后才逐渐形成了世界和平的理念。两人在政治理念上的冲突，使得他们最终选择了不同的道路。

个人信仰与责任

阿斯兰在剧情中多次表现出对PLANT的保护欲，甚至在最后选择与美玲·霍克一起逃离扎夫特，是因为他想要保护PLANT免受更大的伤害。而基拉在剧情后期也逐渐意识到自己需要承担起保护世界和平的责任，这与阿斯兰的保护PLANT的理念产生了冲突。

剧情需要与角色发展

从剧情设计上来看，基拉和阿斯兰的分开是为了让两人各自成长为能够改变世界的力量。最终，他们分别与拉克丝、美玲和真·露娜玛利亚组成三对情侣，共同悼念在战争中牺牲的战士，这也象征着和平与正义的胜利。

动画制作上的改动

有说法称，动画制作人觉得《高达SEED Destiny》的结局设计不完整，因此对剧情进行了改编。在改编的动画中，阿斯兰的结局被修改为与美玲一起逃离扎夫特，而不是与基拉继续并肩作战。

综上所述，基拉和阿斯兰在《高达SEED Destiny》最后结局中分开走，主要是因为他们在政治理念、个人信仰和责任上的分歧，以及动画制作上的改动。尽管如此，他们在剧情的最终都找到了各自的道路，并为世界和平做出了贡献。