《还珠格格》第三部被下架的原因主要有以下几点：

收视率问题：

普遍认为第三部不如前两部好看，演员阵容也有所不同，导致观众接受度不高。

演员档期问题：

原本计划由原班人马出演，但由于911事件的影响，琼瑶决定封笔不再写第三部的剧本。后来虽然琼瑶重新决定拍摄，但演员们的档期已经安排不开，只能换角。

版权到期：

有观点认为，《还珠格格》第三部因为版权到期而被下架。

演员个人选择：

赵薇决定不接演第三部，并且亲自去面见琼瑶说明情况，还以四年内不接拍任何电视剧来表示对琼瑶的歉意，间接造成其他主演也不再考虑接演第三部。

剧情和风格问题：

第三部在剧情上加入了许多琼瑶自己的人生感悟，风格上颠覆了前作，导致口碑远不如前作。

综合以上原因，可以得出《还珠格格》第三部被下架的主要原因是多方面的，包括收视率、演员档期、版权问题以及演员个人选择等。