关于《名侦探柯南》中灰原哀的结局，存在多种猜测和推测，但至今没有官方的定论。以下是一些主要的观点：

灰原哀最终会死去

《名侦探柯南》的原作者青山刚昌不止一次表示，柯南最终会和小兰在一起，并且会画到新一和小兰生孩子。因此，有观点认为灰原哀在结局时一定会死去。

灰原哀可能会被洗白并与琴酒在一起

有观点认为，琴酒可能会被洗白，然后灰原哀会和琴酒在一起。

灰原哀通过努力恢复健康并继续科研

另一种观点是，灰原哀经过自己的努力，研发出了让身体恢复的药剂，她和柯南在结束一切之后各自恢复了自己本来的模样。新一和毛利兰结婚，而灰原哀则远走他乡。

灰原哀戴罪立功并找到新伴侣

还有观点认为，灰原哀可能最后戴罪立功，帮助警方摧毁黑衣组织，而在身体恢复之后又继续了她的科研之路，最后在科研工作中找到了自己的另一半，一位爱推理的帅气男科学家。

灰原哀可能不会死

有观点认为，青山刚昌可能不会那么残忍，毕竟灰原哀也是亲女儿，可能会给她一个比较圆满的结局。灰原哀可能会过着清清白白的生活，最终不会死去。

灰原哀的结局存在多种可能性

有观点认为，真正的结局在青山老师的遗嘱里，但我们可以猜想一下多种可能性，例如灰原哀和新一在一起，或者灰原哀和琴酒在一起等。

综上所述，灰原哀的结局在《名侦探柯南》中仍然存在多种猜测，没有官方的定论。青山刚昌的多次表态表明，他可能会给灰原哀一个比较圆满的结局，但具体如何发展，仍需等待官方的正式公布。