《怪医黑杰克》的结局存在多个版本，具体如下：

黑杰克找到主谋并见到父亲

黑杰克找到了当年爆炸意外的主谋，也见到了自己的父亲。他对儿子黑杰克遇上严重意外表面上装到并不知情，其实他是知情的。他为免黑杰克以及黑杰克的母亲再受到伤害，所以离开他们。后来黑杰克在全满德口中得知事情的始末，知道间影三其实还很爱黑杰克的母亲，及黑杰克想起为甚么母亲在死前叫黑杰克愿谅父亲，因为母亲一早知道父亲离开的原因。

黑杰克研制出治疗新型病毒的血清

黑杰克查出当年爆炸案的真相，并通过莲花的血液研制出治疗新型病毒的血清，不仅拯救了所有人，还将血清命名为本间血清，以此纪念本间医生。他带着皮诺可回到家乡，在海边重新建造了一所房子，与众人一起快乐的生活着。

黑杰克与新娘结婚

没有结婚，黑杰克幼年母亲被大火烧死，父亲始乱终弃和*私奔，自己重伤父亲不闻不问，全身上下没几块皮是自己的。做手术时，神医不小心把手术刀落在自己体内。结局是终于迎来了黑杰克和他的新娘结婚的日子。

黑杰克遇到少年并揭开真相

黑杰克遇到了一名常常有幻象在眼前的少年，后来有一次偶然的机会下黑杰克帮那名少年动手术，发现大家一直以为是胎记的疤痕其实是弹痕，而且那名少年全身很多地方都经过某人动过手术，而黑杰克不得不承认那个动手术的人的医术十分高明，甚至高过于自己。于是他很想见那人一面，在他的寻找下，真相逐渐浮现，他也顺利找到那名医生。

《怪医黑杰克》未完结

作者已死，没有结局，现在都是其他作者偶尔续写的。热心网友目前才出到77集，不知道还出不出。

《怪医黑杰克》有OVA

手冢治虫并没有画完《怪医黑杰克》，在他去世前还在CHAMPION杂志不定时的连载一些短篇。在他去世后，过了很久，中山昌亮，手冢以前的住手，又开始在周刊少年champION 41号（秋田书店）开始连载新的故事。有兴趣可以去看看漫画，而现在动画也会以不定时的时候出一些OVA，前久出的怪医黑杰克Final，两个OVA，是漫画28卷的故事。而硬要说结局的话就是30卷最后一个故事，过往的瞬间，详细的去看看漫画吧，我记得最后皮诺克说医生很寂寞，想要交到朋友。

黑杰克救治亚克德

亞克德是有钱有勢的尼可拉的獨子。驕縱的他在開車狂飆時受到重傷。醫院傾全力也無法醫治他尼可拉利用管道找到了黑傑克。黑傑克表示如果有人願意捐出身體也許可以救活他。沒想到這個可憐的受害者就是當時目睹亞克德車禍。孝順有為的年青人戴比。

综上所述，《怪医黑杰克》的结局存在多个版本，具体结局可能因版本而异。建议您查看具体的漫画或动画版本以获取最准确的结局信息。