动漫版《恶作剧之吻》和真人版《恶作剧之吻》在剧情处理上存在一些差异，导致两者在角色命运上有所不同。以下是主要原因：

剧情衔接与价值

动漫版：琴子在动漫中不仅健康地生下了一个女儿，还和直树一起带着孩子去乡下见外公，整个故事以幸福美满的结局收尾。

真人版：在真人版中，琴子不仅眼睛有问题，还可能遗传给孩子，这些情节在动漫版中并未出现。编剧和导演在处理剧情时，可能认为这些情节与原作的精神和价值观不符，因此没有完整照搬。

原作漫画的未完结状态

漫画版：原作漫画《恶作剧之吻》并没有明确写出琴子是否怀孕，只是写到直树问她是不是怀孕了，后面就没有了。漫画在作者多田薰因脑溢血去世后，整部作品没有完结。

现实版：现实中的湘琴和直树并没有走到白头，琴子在婚后第四年虽然生下了一个儿子，但她的生命在38岁时画上了句点。

作者的个人经历

多田薰：原作漫画的作者多田薰在创作过程中经历了许多坎坷，她在婚后第四年怀孕并生下了一个儿子，但她的生命在38岁时因意外去世。她的去世使得《恶作剧之吻》的故事未能继续下去。

综上所述，动漫版和真人版在剧情处理上的差异主要源于原作漫画的未完结状态、编剧和导演对剧情的不同理解和安排，以及作者多田薰的个人经历。动漫版为了传达原作的积极价值观和幸福结局，选择了让琴子生下孩子；而真人版则可能认为这些情节与原作的精神和价值观不符，因此进行了调整。