好氧发酵与厌氧发酵在肥效方面的比较如下：

能量和养分释放

好氧发酵：在有氧条件下进行，微生物活动旺盛，分解速度快，能在短时间内完成发酵过程，节省时间和空间。发酵过程中产生大量热量，温度可达50~60℃甚至70℃以上，能有效杀灭有害病原菌，保证肥料的无害化。此外，好氧发酵生成的腐殖质呈中性，对培肥土壤十分有利，且含有丰富的可被植物吸收的有效态氮、磷、钾等化合物。

厌氧发酵：在无氧条件下进行，主要产物是甲烷、二氧化碳和许多低分子量的中间产物，如有机酸等。单位质量的有机质降解产生的能量较少，而且厌氧发酵通常容易发出臭味。

环保和安全性

好氧发酵：全过程无臭，反而有淡淡的泥土味，环保节能，设备占地面积小，自动化程度高，运行成本低，能有效处理各类有机废弃物，实现资源化利用。

厌氧发酵：虽然能够回收甲烷气体，具有一定的经济效益，但容易产生对作物不利的物质，如甲烷和有机酸，甲烷等属于温室气体，会污染空气，这些有机酸物质会弱化作物的根，营养价值相对较低。

应用和推广

好氧发酵：具有成本低、发酵产物生物活性强、肥效高、易于推广的特点，同时达到了去臭、灭菌的目的，因此大部分有机肥生产工厂采用的是好氧发酵工艺。

厌氧发酵：虽然装置投资大，且需要解决沼气、沼液的使用问题，但其能量回收和低成本有一定优势，适用于特定场合，如养殖场的液体部分或含水量80%以上的固体有机废弃物的处理。

综合比较：

好氧发酵在肥效、环保和安全性方面均优于厌氧发酵，因此，在大多数情况下，好氧发酵是更优的选择。然而，厌氧发酵在某些特定场合下也有其独特的优势，如能量回收和特定废弃物的处理。建议根据具体需求和条件选择合适的发酵方式，或者将两种工艺结合起来，发挥其互补作用。