《仙剑奇侠传三》的故事背景设定在《仙剑1》的50年前，主要围绕神将军飞蓬和魔尊重楼之间的恩怨情仇展开。剧情从锁妖塔顶端突然坍塌，封印被解除开始，飞蓬和重楼因两界冲突不断交手，逐渐产生惺惺相惜之情。最终，飞蓬在战斗中分心，佩剑被重楼打落人间，导致自己惨败收场。经过多次转世，飞蓬成为渝州唐门新安当铺的伙计景天。重楼为寻找飞蓬来到人间，毁坏锁妖塔，取得魔剑。景天结识了唐门小姐雪见，重楼也寻到景天，向他发起挑战，并将魔剑给予了景天，从此景天改变了自己的生活。

飞蓬与重楼的恩怨

飞蓬和重楼在新仙界决斗，飞蓬因分心被重楼打败，佩剑被打落人间。

飞蓬的转世

飞蓬经过多次转世，成为渝州唐门新安当铺的伙计景天。

景天的冒险

景天在当铺工作，结识了唐门小姐唐雪见，并因误会与雪见相识。

景天在冒险过程中，发现了自己前世的佩剑——魔剑，并逐渐了解到自己的身世。

重楼的介入

重楼为寻找飞蓬，毁坏锁妖塔，取得魔剑，并多次与景天交手。

重楼最终将魔剑交给景天，帮助他成为蜀山大侠。

结局

景天成为新安当铺的老板，重楼将龙葵两种性格分离出来，蓝葵拥有千年记忆，红葵成为家庭一份子。

雪见成为景天的妻子，两人生下了一个善良又机灵的儿子景小楼。

这些剧情构成了《仙剑奇侠传三》的主要故事线，充满了奇幻色彩和感人至深的情节。