《女医·明妃传》的结局如下：

祁钰病逝：

吴太后因无法接受儿子祁钰的离世，多次找允贤闹事，最终祁钰在除夕夜病发身亡。吴太后认定是允贤医术不精导致祁钰死亡，要求允贤为祁钰殉葬。

英宗登基与废除殉葬制度：

为救允贤，英宗在拥护他的大臣帮助下，趁夜入宫并登基为皇。他下旨废除殉葬制度，允贤因此逃脱了殉葬的命运，但意外失去了腹中的孩子。

允贤离开皇宫：

允贤得知英宗登基后，悄悄离开宫中，随戏班一起远走天涯。英宗在政事上励精图治，在宫中推行女医制度。十年后，英宗传位太子，自己四处私访，终于再度找到了允贤。

允贤与英宗重逢：

英宗放弃皇位，去宫外寻找允贤，两人最终走到了一起。在他们的努力下，明朝建立了女医制度，允贤也登上了女国医的高座，成为了一代令人敬重的女医。

综上所述，允贤和英宗朱祁镇在经历了诸多波折后，最终走到了一起，并且英宗还推行了女医制度，提高了女子的地位。