事业单位改企在编职工的补偿办法如下：

工作年限与劳动合同

事业单位转为企业后，职工由改企后的国有企业接收，实行劳动合同制度。

工作年限满10年以上的或距国家法定正常退休年龄不足10年的人员，本人提出订立无固定期限劳动合同，单位应与其签订。

经济补偿

事业单位转企改制时，应依法解除与职工的劳动关系，按职工的实际年龄，每满一年发给职工一个月基本工资的经济补偿金，职工原有身份不再保留。

如果无法安置，需按《劳动合同法》支付经济补偿，标准为工作每满一年支付一个月工资。

经济补偿金的标准为：被解聘人员在该转制单位每工作1年，支付其本人1个月的上年月平均工资；在该转制单位工作年限满6个月不满1年的，按1年计算。

社会保险与福利

改制后，实行企业基本养老保险制度，职工在原单位的工作年限合并计算为该企业的工作年限，今后企业与职工解除劳动合同时，按规定一并计发经济补偿金。

改制时，给予编制数额内的在职职工一次性补贴，由其所在单位通过当地社会保险经办机构转入职工基本养老保险个人账户。

改制后，按规定参加企业的工伤保险和基本医疗保险、生育保险、失业保险，享受有关待遇。

身份转换与补偿

职工进入国有企业后，原单位的工作年限合并计算为该企业的工作年限。

职工本人不愿意进入国有企业的，按事业单位辞职有关规定辞去公职，领取一次性辞职补助金。

在事业单位转企改制过程中，不选择续用或者不选择提前离岗的，可以与单位协商一致，自谋职业，但这个是给经济补偿金的。

其他安置措施

山东省给予老员工养老保险一次性补贴，职业年金改为企业年金。

湖北省荆门市对离退休不到5年的编内员工可以提前离岗，离岗期间的工资福利等基本待遇不变。

编内和合同工参照劳动法的经济补偿按照n+1计算。

建议：

在事业单位改企过程中，在编职工应了解自己的权益，及时与单位沟通，确保在改制过程中得到合理的补偿和安置。

对于不愿意进入企业的职工，可以咨询专业律师或相关部门，了解自己的法律权益和可能的补偿方案。