敦煌石窟和莫高窟的区别主要在于 敦煌石窟是一个总称，而莫高窟是敦煌石窟中规模最大、保存最完好的一个。具体来说：

敦煌石窟：

是对甘肃敦煌地区若干佛教石窟的总称，包括莫高窟、榆林窟、东千佛洞、西千佛洞、五个庙石窟等。

莫高窟：

是敦煌石窟中最大、最著名的石窟群，位于河西走廊的西部尽头的敦煌，开凿从十六国时期至元代，前后延续约1000年。

因此，敦煌石窟是一个广泛的概念，包含了莫高窟以及其他较小的石窟群，而莫高窟则是敦煌石窟中最具代表性和保存最完好的部分。