政府部门发函 通常使用红头文件。红头文件是正式公文的一种，用于党政机关、人民团体、企事业单位间商洽和联系工作时，具有正式性和权威性。在大多数情况下，当政府部门用于平行机关之间的正式工作通报等时，会使用红头文件。然而，在精简文件的精神指引下，也可以不使用红头文件，但必须在落款处加盖公章。

因此，政府部门发函时，红头文件是首选，但在特定情况下，也可以使用不带“文件”二字的红头，仅标注发文机关名称。这种格式的函件适用于较为正式的工作沟通，但不强调文件的重要性。

综上所述，政府部门在发函时，通常使用红头文件以体现正式性和权威性，但在某些情况下，也可以根据具体需求和文件性质选择适当的格式。