斯内普教授在《哈利波特与魔法石》中问哈利的三个问题及其含义如下：

第一个问题

问题：如果把水仙球根粉末加入苦艾茎液中会怎么样？

含义：这个问题看似简单，但实际上包含了深刻的情感。水仙花语代表爱情，而艾草花语代表痛苦。斯内普通过这个问题表达了他对莉莉的悔恨和痛苦。

第二个问题

问题：如果我要你去给我找一块粪石，你会到哪里去找？

含义：粪石是一种有极强解毒作用的石头，来自山羊的胃里。斯内普通过这个问题考验哈利的智慧和勇气，同时也暗示了他对哈利的期望和信任。

第三个问题

问题：那你说说舟形乌头和狼毒乌头有什么区别？

含义：舟形乌头和狼毒乌头实际上是同一种植物，也统称乌头。斯内普通过这个问题考察哈利对细节的关注和知识储备，同时也表达了他对哈利的一种考验和认可。

这三个问题不仅展示了斯内普教授复杂的情感和性格，也为后续剧情的发展埋下了伏笔。