名侦探柯南的主线剧情从 第1集开始， 一直延续到第1207集。主线剧情大致可以分为以下几个阶段：

工藤新一的名侦探之路

第1集：琴酒给工藤新一灌下药物变小，新一化名为江户川柯南。

第2集：新一求助阿笠博士，住进毛利侦探所。

第3集：柯南转入帝丹小学，首次替小五郎解决案件。

第4集：柯南、光彦、步美、元太组成少年侦探团。

第5集：柯南在新干线遇到琴酒和伏特加，窃听得知代号。

第6集：铃木园子首次登场。

第7集：小兰首次怀疑柯南身份。

黑衣组织的秘密计划

第4集至第5集：黑衣组织的重要成员登场，如琴酒、伏特加、灰原哀（宫野志保）等。

第7集至第8集：黑衣组织的秘密计划和红方的卧底行动。

第1009集至第1011集：充满谜团的鸡尾酒，朗姆性格曝光。

第1028集至第1031集：目标是警视厅交通部。

第1040集至第1041集：基德对高明，被盯上的嘴唇。

第1050集至第1052集：替身京极真。

第1060集至第1062集：36宫格的完美犯罪，朗姆性格曝光。

第1068集至第1069集：挖野草与四叶草，柯南发现若狭留美右眼有问题。

第1075集至第1077集：藏不住的古董盘。

第1081集至第1082集：大冈红叶的挑战书。

警校五人组的牺牲故事

第2集至第3集：描述了工藤新一、服部平次、毛利小五郎、灰原哀（宫野志保）和萩原研二在警校的日子。

世良姐妹一家9口人的搬迁之旅

第5集至第6集：世良真纯和她的家人搬到了毛利侦探所附近。

其他重要事件

第2集至第3集：服部平次识破柯南身份。

第135集至第141集：雪莉出场，灰原哀加入阿笠博士的实验室。

第832集至第836集：绯色的序章，与主线相关。

第865集至第867集：县警的黑暗，与主线相关。

第882集至第883集：好吃得要死的拉面2，与主线相关。

第956集至第957集：妃律师的求救信号。

第964集至第965集：燃烧帐篷的怪物。

第971集至第972集：恋爱与推理的剑道大赛。

第974集至第975集：三名女高中生的秘密咖啡店。

第980集：饱含心意的手机挂件。

截至2025年，主线剧情已经推进到第1207集，黑衣组织的一把手和二把手已浮出水面。建议观众关注最新的剧集更新，以获取最新的主线剧情发展。