《火影忍者》动画的主线剧情从 第1集开始，至 第720集结束。整个动画系列分为多个阶段，每个阶段都有其独特的主线剧情和关键事件。

初期阶段（1-25集）

介绍了主角漩涡鸣人的登场和中忍考试的第一场。

第二阶段（27-51集）

讲述了第二场中忍考试，以及小李败于我爱罗的重要事件。

第三阶段（53-58集）

自来也的登场和鸣人开始接受更高级别的训练。

第四阶段（60-96集）

鸣人激战白眼，以及三忍大战的激烈场面。

第五阶段（98-100集）

纲手继承火之意志，鸣人开始展现出更强大的力量。

第六阶段（107-135集）

鸣人与佐助的冲突达到高潮，佐助出走，鸣人和鹿丸开始追击。

第七阶段（221-276集）

《火影忍者疾风传》的开始，晓组织的进攻，阿斯玛的战死。

第八阶段（292-309集）

晓组织的进一步行动，以及自来也潜入晓基地。

第九阶段（333-363集）

佐助捕获八尾，自来也的牺牲。

第十阶段（372-389集）

佩恩抓捕鸣人进攻木叶村。

第十一阶段（417-442集）

五影会谈，第四次忍界大战的开始。

第十二阶段（463-476集）

鸣人经历九尾试炼。

第十三阶段（481-490集）

第四次忍界大战正式开战。

第十四阶段（492-498集）

鬼刀7人众登场。

第十五阶段（502-503集）

火影雷影拦截鸣人上战场。

第十六阶段（516-522集）

鸣人正式参战，恐怖水影登场。

第十七阶段（541-546集）

霸气斑爷登场，宇智波带土的秘密揭露。

第十八阶段（548-566集）

宇智波两兄弟大战蛇仙人。

第十九阶段（582-595集）

柱间与斑的过去，第七班的集结。

第二十阶段（598-608集）

十尾人柱力的觉醒。

第二十一阶段（611-613集）

宇智波斑与宇智波带土的会面。

第二十二阶段（634-635集）

鸣人与佐助到达死亡边缘，最终和解。

第二十三阶段（637-641集）

苍蓝猛兽开八门暴揍六道斑。

第二十四阶段（671集）

无限月读的实施。

第二十五阶段（679-694集）

大筒木辉夜登场，最终被封印。

第二十六阶段（695-699集）

终结谷之战，鸣人与佐助的最终对决。

第二十七阶段（700-703集）

少年时代篇，回忆鸣人早期的经历。

这些阶段构成了《火影忍者》动画的主线剧情，每个阶段都有其独特的情节发展和角色成长。