甲贺流忍者和伊贺流忍者在多个方面存在区别：

起源与地域

伊贺流忍者：起源于伊贺国（现今三重县伊贺市一带），以隐秘行动和忍术著称。

甲贺流忍者：虽然名称中带有“甲贺”二字，但实际上与伊贺流并无直接关联，其发源地位于现在的滋贺县甲贺市和湖南市。

组织运营

伊贺流忍者：组织运营上，伊贺忍者由“上忍三家”掌控，即服部半藏、百地三太夫和藤林长门守，他们拥有较大的决定权。

甲贺流忍者：甲贺忍者则是一个称为“惣”的共同体，内部地位平等，重大决策通过少数服从多数的原则进行。

效力对象

伊贺流忍者：通常为出价最高的雇主提供情报收集、暗杀及战场支援服务，与多个大名之间存在联姻关系，较为灵活。

甲贺流忍者：主要效忠于特定的家族，如佐佐木六角氏，并在家族没落时改变效力对象。

忍术与技能

伊贺流忍者：以催眠术和巫术为主，擅长隐秘行动和暗杀。

甲贺流忍者：除了忍术外，还精通医术和用药，常以卖药或守卫身份收集谍报。

历史背景

伊贺流忍者：在战国时代为各大名提供重要服务，与织田信长等历史名人有较多的交集。

甲贺流忍者：在1590年曾试图刺杀丰臣秀吉，但最终失败，家族被消灭。

总结：

甲贺流忍者和伊贺流忍者虽然同为日本战国时期的重要忍者流派，但在起源、组织运营、效力对象、忍术及历史背景等方面存在显著差异。伊贺流忍者以隐秘行动和忍术著称，而甲贺流忍者则更侧重于医疗和药物的使用，且组织运营上更为平等。两者在历史舞台上扮演了不同的角色，但都对日本的忍者文化产生了深远影响。