《新神探联盟之包大人来了》的结局并没有明确说明谁和谁在一起，但根据剧情和讨论，可以推测出一些可能的情况。

包正用枪指住了公孙泽：

包正用枪指住了公孙泽，让他放下枪。孔雀王让包正开枪杀了公孙泽，但包正最终没有下手，而是选择了其他方式解决问题。

孔雀王是包正的生父：

剧情揭露孔雀王实际上是包正的生父，这一发现使得包正和孔雀王之间的关系变得复杂。

包正和梦飞的感情：

包正和梦飞之间有感情，梦飞也喜欢包正，但剧情并没有明确说明他们最终是否在一起。

结局的悬念：

结局最后一阵枪响，但并没有明确是谁开的枪，也没有明确说明这一枪是否致命。这些悬念为第二季的剧情埋下了伏笔。

综合以上信息，可以推测《新神探联盟之包大人来了》的结局并没有给出明确的答案，而是留下了许多悬念，为第二季的剧情发展提供了空间。因此， 《新神探联盟之包大人来了》是有第二部的。