在《神探狄仁杰》第二部中，蛇灵的最终命运如下：

袁天罡：

蛇灵的老主人，计划利用日食的力量冲垮皇宫，但计划失败后，他选择喝毒酒自尽。

肖清芳：

蛇灵的新主人，袁天罡的徒弟，最终被虺文忠所杀。

虺文忠：

蛇灵六大蛇首之首，被称为“闪灵”，在太子宫最后一战中被李元芳击杀。

血灵：

实际上是双胞胎姐妹小梅和小凤，最终小梅被狄如燕捅死，小凤被捕。

虎敬晖：

蛇灵的一流杀手，人称“蝮蛇”，最终为救狄仁杰被李青霞所杀。

综上所述，蛇灵的主要成员在剧情的结尾都遭到了应有的惩罚，而狄仁杰则继续他的侦探生涯，保护着国家的安宁。