《魔法科高校的劣等生剧场版》是一部 剧情类型的影片，以下是其主要剧情简介：

季节经过：

故事发生在季节即将进入第二年的春天，劣等生哥哥和优等生妹妹在魔法科高校的第一学年即将结束。

春假度假：

达也和深雪等学生利用春假期间，前往小笠原诸岛的某所别墅度假，期间他们在这短暂的休息中伸展羽翼，享受青春的美好。

神秘少女出现：

在这样的背景下，一位名叫“九亚”的少女突然现身。九亚是从海军基地脱逃出来的，她向达也传达了一个请求。

揭示秘密：

九亚的出现揭开了海军可能在进行一项名为“陨石炸弹”的战略级魔法研究，这项研究需要大量的魔力输出，而九亚和其他几名少女被当作零件般使用。盛永研究员不忍心看到无辜的少女们被当成工具使用，偷偷放走了她负责的少女。

行动与冲突：

九亚逃到小笠原诸岛后，误上了司波达也等人的飞机。在飞机撤离的过程中，他们得知了海军基地的阴谋，并为救出被困在基地的少女们展开行动。这一过程中，他们与莉娜所率领的势力发生冲突，莉娜的目的是彻底毁灭海军基地。

解救与胜利：

经过一系列的战斗和努力，达也和同伴们最终成功解救出被困的少女们，并阻止了海军基地的邪恶计划。

这部剧场版通过一系列紧张刺激的情节，展现了魔法科高校学生们在春假期间的冒险和成长，同时也揭示了权力、友情和勇气的主题。