口袋妖怪红宝石和蓝宝石的主要区别如下：

主神兽不同

红宝石的主神兽是古拉顿。

蓝宝石的主神兽是盖欧卡。

特有精灵不同

红宝石有特有精灵如狡猾天狗一族、大嘴蛙、猫鼬斩、太阳岩。

蓝宝石有特有精灵如乐天河童一族、勾魂眼、饭匙蛇、月石。

敌对组织不同

红宝石中的敌对组织是熔岩队。

蓝宝石中的敌对组织是海洋队。

可捕捉的精灵不同

红宝石可以捕捉到天空龙，但蓝宝石中无法捕捉到天空龙。

红宝石在剧情中可以通过打败某些敌人获得拉帝欧斯，而蓝宝石中则是拉帝亚斯。

设施完善程度不同

红宝石中的战斗塔设施不完善。

蓝宝石中的战斗塔设施也不完善。

其他细节

红宝石可以很容易抓到386只精灵，包括神兽。

蓝宝石在剧情中不能抓到神兽，但通关后的战斗塔改为大挑战地区，设施为7个。

总的来说，红宝石和蓝宝石在主神兽、特有精灵、敌对组织、可捕捉的精灵以及设施完善程度等方面存在明显的区别。尽管两个游戏的存档是相同的，但玩家在游戏体验上会有不同的感受和乐趣。