《越狱》第三季的剧情主要围绕迈克尔·斯科菲尔德（Michael Scofield）和他的哥哥林肯·巴罗斯（Lincoln Burrows）展开。在第二季的结尾，迈克尔成功地将林肯从福克斯河监狱救出，但他们的自由并没有持续太久。迈克尔被一个名为“公司”的神秘组织设计，送往巴拿马最危险、管理最松散的监狱——索纳监狱（Sona），而林肯也被一同抓走。

在索纳监狱，迈克尔面临了更加严峻的挑战。这座监狱内部没有法律、没有狱警，只有犯人和监狱老大路赛罗（Lechero）的统治。迈克尔不仅要应对监狱内的暴力冲突，还要策划一场几乎不可能完成的越狱计划。他的目标是救出一名被绑架的澳大利亚囚犯韦斯勒（Wesley），同时也要确保自己和林肯的安全。

第三季中，迈克尔和林肯与其他囚犯建立了联系，包括前FBI探员马洪（Mahone）、前福克斯河监狱狱警巴里克（Bellick）和神秘人物苏克雷（Sucre）。他们共同制定了详细的越狱计划，并在监狱内部和外部进行了一系列复杂的操作。然而，他们的计划并非一帆风顺，不断有新的挑战和危险出现，包括被其他囚犯背叛、被组织追杀等。

在越狱过程中，迈克尔还发现了关于莎拉·韦恩·卡丽丝（Sara Tancredi）被绑架的真相，以及她与“公司”之间的紧密联系。莎拉实际上是“公司”的成员，她的死也被用作陷害林肯的阴谋的一部分。迈克尔在得知这一切后，决定不仅要救出林肯，还要为莎拉报仇。

最终，在一系列惊心动魄的冒险和激烈的战斗后，迈克尔、林肯和其他囚犯成功越狱，并揭露了“公司”的阴谋。然而，越狱的成功并不意味着他们能够立即获得自由，他们仍然面临着来自“公司”和其他敌对势力的追捕和威胁。

第三季的结局给观众留下了悬念，暗示了第四季中将有更多的冒险和转折等待着迈克尔和林肯。