是的，裴东来在电影《狄仁杰之通天帝国》中确实喜欢上官静儿。这种喜欢体现在多个方面：

保护行为：

当汪驴把蝎子倒到静儿脚边时，裴东来迅速上前把蝎子踩死，保护了静儿。

关心则乱：

在鬼市上头掉下一口钟的时候，裴东来不顾自身安危，趴在静儿身上护着她。

放弃保护关键人物：

静儿中了调虎离山计去追假国师时，裴东来明知是计也因为担心静儿而放弃保护关键人物汪驴，转头去找静儿。

互相关心：

在黑暗中他们互以为敌时，裴东来那一声“静儿”也显示出他对静儿的关心。

情感转变：

裴东来和上官静儿最初像敌人，互瞧不上，但最终却成了合作伙伴和朋友，甚至裴东来喜欢上了静儿。

这些情节都表明裴东来对上官静儿有着深厚的感情。虽然电影中有些喜欢上官静儿的情节被删减了，但从现有的信息来看，裴东来对上官静儿的喜欢是显而易见的。