九阴真经在《射雕英雄传》中落入黄药师手中的过程存在多种说法，以下是几种较为可信的解释：

黄药师设计赢得真经

黄药师与周伯通进行赌赛，通过弹石之戏赢得真经。黄药师的妻子黄夫人看过真经后，背下来并骗周伯通说书是假的，黄药师因此得到真经。

黄药师利用妻子默写真经

黄药师让怀孕的妻子阿衡默写《九阴真经》，阿衡背出后，黄药师夫妇将其记下。后来阿衡因过度用脑难产而死，黄药师因此得到真经。

黄药师与周伯通的赌赛

黄药师与周伯通赌赛，黄药师通过巧妙手段赢得真经，并借给周伯通的妻子黄夫人看。黄夫人看过后全部记下来，黄药师因此得到真经。

黄药师的机智和自负

黄药师本身武功高强，对九阴真经的内容不屑一顾，因此设计从周伯通手中骗得真经，满足自己的好奇心和虚荣心。

综合以上几种说法，可以得出结论：黄药师通过一系列计谋和手段，最终获得了九阴真经。这些计谋包括与周伯通的赌赛、利用妻子的记忆力以及黄药师自身的机智和自负。最终，九阴真经落入了黄药师手中，但他并未亲自修炼，而是保存在桃花岛上。